Absolvovala Fakultu architektury ČVUT v Praze (1963), kde studovala též v atelieru kresby a malby, ve studiu malby poté pokračovala soukromě (Karel Souček, Oldřich Smutný). Kromě výtvarné tvorby architektonické a malířské se věnuje pedagogické činnosti. V létech 1968–1990 působila jako pedagog (docentka) na pražské Akademii výtvarných umění, pak pokračovala jako vedoucí ateliéru na Soukromé mistrovské škole uměleckého designu v Praze (1991–1996), poté na Katedře architektury ČVUT FSv v Praze.
Uspořádala přes čtyřicet malířských samostatných výstav a účastnila se desítek výstav kolektivních domácích i zahraničních. Její obrazy jsou součástí sbírek Národní galerie v Praze, Galerií Hlavních měst Prahy a Bratislavy a dalších prestižních galerií a soukromých sbírek domácích i zahraničních. Její dílo je zastoupeno v mezinárodním archivu IAWA ve Virginii, USA a v řadě dalších archivů a sborníků. Patřila ke skupině Maloskalských výtvarných umělců, je členkou Jednoty umělců výtvarných, Asociace interiérových architektů a Unie výtvarných umělců.
Za uměleckou tvorbu získala Cenu Masarykovy akademie umění, Evropskou medaili Franze Kafky, získala též řadu ocenění v mezinárodních malířských soutěžích. Kromě malířské tvorby vytvořila řadu významných architektonických projektů – v roce 2018 získala Cenu Jože Plečnika za celoživotní přínos architektuře. Žije a tvoří v Praze.
Její malba navozuje dojem mlčenlivého meditativního souznění s přírodou, nejde v ní však o zachycení realistických detailů, ale o básnivou transformaci umocněnou osobitou technikou, přetvářející skutečnost v duchovní barevný svět… (Jiří Dolejš)
…Obrazy Zdenky Marie Novákové prokazují celkovou malířskou kulturu, uměleckou úroveň i výraznou osobitost. Zakládají se na barvě a způsobu práce s barevnou hmotou, kterým je přírodní motiv osobitě transformován. Zvolené barevné plochy mají sytost a hloubku, celkový povrch malby pokrývají jemně rozlišené struktury, vycházející ze složitého postupu. Malířka se nespokojuje s klasickým štětcovým rukopisem. Strukturování diferencovanými nánosy barev v malých rozptylujících vrstvách je dílem její vlastní osobité technologie, ke které dospěla podle svých slov „v úsilí o zachycení základního atributu přírody – rozmanitosti a věčné proměnlivosti“… Optické vjemy byly východiskem, reálným základem, přitom každé dílo je řešeno nezávisle na konkrétnosti, jako představa, prožitek, esence. Nejde o krajinářské záběry, ani o abstrakce. Obrazy, i ty konkrétně pojmenované, jsou oproštěny od odvádějících podrobností. Prokazují význam barvy, která je znakem malířství, kompoziční jistota svědčí o smyslu pro konstrukci. Byly namalovány se zřejmou radostí z tvoření… (Eva Petrová)
… Zdenka zpodobuje hlavně přírodu, ne však prozaicky, jak to činili realisté v nejobvyklejším smyslu toho slova, ale básnivě – to, co v přírodě prožila, přetváří abstrahující imaginací, a pod jejíma rukama tak vznikají ryze malířské básně o trávě, květinách a rose, o stromech a oblacích, o předjaří, sněhu a tání, o lesních tůňkách a měsíčných nocích. Její malířská poezie obsahuje mnoho impresivního, ale k impresi se v ní vždycky přidružuje reflexe, a, když tedy Zdenka hovoří a zpívá o jedinečnosti a osobitosti každého stromu, každé květiny, každého kaménku, přemýšlí zároveň o přebohatě rozmanité jednotě světa… (Jaromír Zemina)